En fecha 6 de Julio de 1886 comenzaron los trabajos para unir el pueblo de Mercedes con Buenos Aires en una extensión de 107 kilómetros y el 24 de septiembre de ese año fue transferida la anterior compañía a la definitiva "Buenos Aires al Pacífico" (B.A.P.)

La construcción de la estación en nuestro pueblo fue permitida por Resolución del Ministerio de Obras Públicas de la Nación del día 17-6-1901, siendo autorizados los planos para el "kilómetro 44.071 de la línea" en fecha 27-9-1901.

Por Resolución del Ministerio de Obras Públicas de la Nación del día 9-10-1901, se fijó el nombre de "Presidente Derqui" a la nueva estación, en honor al presidente de la Nación Argentina entre 1860/1862. La apertura provisoria para el servicio de pasajeros fue dada por Resolución del Ministerio de Obras Públicas de la Nación del día 29-11-1901, siendo librada al servicio definitivo a partir del 1 de enero de 1902 por resolución de fecha 31-12-1901.

Como dato curioso y según relata Enrique Udaondo, existió otra estación ferroviaria bautizada con el apellido de Derqui. Fue en la Provincia de Corrientes, siendo denominada "Manuel Derqui", la que hacia referencia a quién fuera gobernador de aquella provincia.